環境監測公司作為環境監測第三方機構，其內部結構完整，具有強大的環境監測能力，在最近幾年其發展勢頭十分迅猛、業務范圍廣泛！但是環境監測公司也存在著諸多的問題，這些問題不僅影響了環境監測的質量，也對整個行業的良性發展帶來巨大沖擊。

第一是社會認可度不高。目前尚沒有頒布專門針對社會環境監測公司市場管理的法律。因為國家或者地方對社會環境監測公司還沒有一個明確的定位，因此社會環境監測公司的社會性質不明，所得到的社會認可度不高，權責也不對等。很多企業把自己當作是社會監測公司的顧客，某種程度上存在顧客即上帝的心態，認為監測公司應該按照他們的要求出具報告，甚至還會出現以數據的達標作為付費的標準，數據不達標就不付款，這直接促使了監測數據造假。另外，在監測過程中，針對監測工作的內容、性質等對被測企業提出相應要求時，也很難得到企業的支持，這主要體現在對監測工況的要求。

第二是監管體系落后。目前尚未形成對社會環境監測公司的監管體系，還處于監測部門開展常規質量控制的階段，并且常規控制的范圍也很局限，主要還是集中在實驗室分析、報告編制環節。另外，對公司的考核沒有采取懲罰的措施，僅通報批評或整改，沒有更加嚴格的淘汰機制。除了監管部門尚未對環境監測公司有完善的監管體系外，監測公司內部的監管也很混亂。比如采樣過程的監管。采樣過程中對采樣工況、儀器、布點、采樣方法、采樣環境是否符合監測要求的監督等都是技術質量監督的重災區。另外對實驗室的監督不到位，很多實驗室的管理僅僅停留在體系文件的建立上，而對體系文件的執行卻疲于應付，對于每一步實驗操作是否規范，儀器是否正常運行，實驗環境是否科學，實驗的記錄是否真實有效，數據運算是否正確，樣品的流轉、處置是否能滿足監測要求等等都無法細致監督。

三是價格市場混亂。伴隨著社會環境監測市場的不斷擴大，大量資本開始入侵，為了獲得更大的客戶量，多數公司采用價格戰。

隨著我國對生態建設的進一步推進，環境監測也進入了新階段，規范環境監測行業迫在眉睫。讓環境監測公司常態化發展是社會各界開展工作方向。